1. Kärki: Akvarellikynän kärki on yleensä pyöreä, kun taas tussikynän kärki on litteä, joka on jaettu kuitutyyppiseen kärkiin ja vaahtomuovityyppiseen kärkiin.
2. Muste: Tussit ovat vesipohjaisia, öljypohjaisia ja alkoholipohjaisia, kun taas akvarellikynissä on vain yksi vesipohjainen tyyppi.
3. Väritys: Vesivärikynät eivät voi pinota värejä, mutta tussit voivat pinota värejä. Tussit on helpompi värjätä kuin vesivärikynät.
4. Käyttö: Akvarellikynän etuna on, että siinä on tarpeeksi vettä, väri on rikas ja kirkas, ja haittana on, että vesi on epätasaista, siirtymä on luonnoton ja kahta väriä ei ole helppo sovittaa yhteen, joten se sopii yleensä lasten maalauksiin, ja sitä voidaan käyttää myös tussina.
Merkin etuna on, että vesi on tasaista, ja haittana on se, että värikontrasti on heikompi, mutta nämä kaksi voidaan sovittaa hyvin yhteen ja niillä voidaan piirtää arkkitehtonisia ja teollisia muotoiluja.
